این تراشه‌ی نسل سومی از سری تراشه‌های ساخت اپل با اسم کد «سایکلون 3» (Cyclone 3) است که A9 نام دارد. روی این تراشه، پردازندهی دوهستهای با قدرت پردازش 1.8 گیگاهرتز با معماری ARMv8 قرار گرفته است. همچنین این تراشه بر پایه‌ی لیتوگرافی 14 نانومتری ساخته شده و فوق‌العاده کم‌مصرف است. در کنار این پردازندهی دوهستهای، حضور پردازندهی گرافیکی PowerVR GT7600 با اسم کد «روگ» (Rogue) هم پررنگ است. در آزمون‌های مختلف مشخص شده که قدرت پردازشی بالاتری در مقایسه با آدرنو 430 کوالکام و تگرا K1 انویدیا دارد. البته پردازندهی حرکتی اختصاصی اپل با نام M9 هم روی این تراشه قرار دارد. وظیفه‌ی پردازندهی کمکی M9، پردازش حرکت‌های آیفون SE در کنار رمزگذاری و رمزگشایی ویدیو‌های 4K است. جدا از پیشرفت‌های تراشه‌ی اصلی، تراشه‌ی مودم هم که ساخت شرکت کوالکام است، حالا از شبکه‌های 4G نوع چهارم با امکان استفاده از باندهای بیشتر پشتیبانی می‌کند.
همچنین این گوشی در ظرفیت‌های 16و 64 گیگابایتی به بازار عرضه شده است. خرید آیفون 16 گیگابایتی تنها به کسانی توصیه می‌شود که می‌خواهند از امکانات اولیه‌ی آن بهره‌مند شوند و قصد ندارند از فایل‌های مولتی‌مدیای زیادی استفاده کنند.
آیفون جدید از یک سیم‌کارت در شبکه‌ی 4G پشتیبانی می‌کند. امکان اتصال به اینترنت از طریق Wi-Fiو امکان اتصال به سایر دستگاه‌های ساخت اپل از طریق بلوتوث برای کاربران آیفون جدید فراهم شده است. همچنین امکان استفاده از «پرداخت سریع اپل» (Apple Pay) به کمک NFC موجود در این آیفون وجود دارد. امکانی که شاید در کشورمان آن‌قدر حیاتی نباشد؛ اما باید به این نکته توجه داشته باشیم که آیفون 5s فاقد این قابلیت بود.
حسگر‌های امنیتی بیومتریک که در آیفون 5s شاهدش بودیم، در این گوشی هم وجود دارند. به گفته‌ی بسیاری از سایت‌های معتبر، این حسگر از همان ساختار نسل اول بهره می‌برد و سرعت و دقت حسگر آیفون 6s را ندارد؛ اما بااطمینان می‌توان گفت، این حسگر پیشرفت قابل‌ملاحظه‌ای داشته و در آزمون‌های دیجی‌کالا مشخص شد که سرعت و دقت آن، حتی بیشتر از حسگر آیفون6 است. این حسگر می‌تواند تا پنج انگشت کاربر را تشخیص دهد و ثبت کند.
نسخه‌ی نهم از سیستم‌عامل اختصاصی اپل با نام iOS برای آیفون SE در نظر گرفته شده است. این سیستم‌عامل در مقایسه با نسخه‌‌ای که در آیفون 5s شاهدش بودیم، هیچ تغییری نکرده است. در عوض به لطف تراشه‌ی قدرتمند اپل از سرعت و روانی بالایی برخوردار شده و نباید دیگر نگران مشکلات و مکث‌های احتمالی سیستم‌عامل آیفون جدید باشیم.
یکی از قوت‌های این گوشی که حتی آن را برتر از آیفون 6 می‌کند، باتری 1624 میلی‌آمپر ساعتی‌اش است که می‌تواند این گوشی کوچک را مدت‌زمان زیادی روشن نگه دارد و انر‌ژی موردنیازش را تامین کند.
مترین تغییر این گوشی در مقایسه با آیفون 5s در قسمت نمایشگر اتفاق افتاده است. برای آیفون جدید اپل همان نمایشگر 4 اینچی آیفون 5s انتخاب شده است. این نمایشگر هیچ تفاوتی با نمایشگر استفاده‌شده در آیفون 5s ندارد. نمایشگری 4.0 اینچی با پنل LCD که از فناوری IPS سود می‌برد و می‌تواند تراکم 326 پیکسل بر اینچ یا در اصطلاح تجاری شرکت اپل، رتینا را نمایش دهد.
اگر کمی واقع‌بین باشیم، این موضوع درست است که این نمایشگر هیچ تغییری در مقایسه با قبل نداشته؛ در عوض تنها دلیل تولید آیفون جدید بوده است. بر اساس ادعای اپل هنوز نزدیک به یک‌سوم از کاربران آیفون، از آیفون‌هایی با نمایشگر‌های 4 اینچی استفاده می‌کنند. این تعداد کاربر باعث شد تا آیفون 4 اینچی جدیدی با تمام امکانات و قابلیت‌های مفید آیفون 6s تولید شود. این تمام واقعیت پشت پرده‌ی آیفون SEاست: یک گوشی با ابعاد و نمایشگری که بتوان آن را به‌راحتی و تنها با یک دست کنترل کرد.
جدا از اضافه‌شدن رنگ رزگلد که این روزها به حربه‌ی اپل برای نشان‌دادن تفاوت میان محصولاتش تبدیل شده، لبه‌های گوشی، تراش تیزتری در مقایسه با آیفون 5s دارند. این تراش‌ها به‌گونه‌ای هستند که حتما با لمس آن‌ها متوجه تفاوتشان خواهید شد. به‌غیراز این تراش‌ها می‌توان به وزن سبک‌تر این گوشی با توجه به بیشترشدن ظرفیت باتری‌اش هم اشاره کرد. البته تفاوت کوچکی هم روی قاب پشتی وجود دارد؛ آن هم اضافه‌شدن عبارت SE زیر عبارت iPhone روی قاب پشتی است. اگر این تفاوت‌های کوچک و بزرگ را کنار بگذاریم؛ سایر قسمت‌ها، کلید‌ها و مشخصات طراحی ظاهری با آیفون 5s یکسان هستند. قابی از جنس آلومینیوم با لبه‌های کاملا گرد، قاب پشتی یکپارچه با قاب اصلی از مشخصات 4 اینچی جدید اپل هستند.
باید گفت این تنها یک طراحی تکراری نیست و نقص‌های طراحی آیفون 5s به‌طور کامل در این گوشی پوشش داده شده‌اند. شاید در نگاه اول این موارد به چشم نیایند؛ اما به‌مرور زمان و با استفاده‌ی طولانی از آیفون SE در صورتی که آیفون 5s را تجربه کرده باشید، متوجه این تغییرات مثبت در جهت کنترل ساده و دسترسی بهتر به آیفون SE خواهید شد.
این طراحی جمع‌و‌جور، باعث می‌شود که گوشی به‌راحتی در دستتان جا شود. هرچقدر هم دستان کوچکی داشته باشید، می‌توانید به تمام قسمت‌های نمایشگر تنها با یک دست، دسترسی پیدا کنید. همچنین می‌توانید تمام کلید‌های کیبورد مجازی را با یک دست لمس کنید و از تایپ تنها با یک دست لذت ببرید یا کلید‌های ولوم و پاور را به‌راحتی بفشارید و درمجموع هر عملیاتی را تنها با یک دست انجام دهید.
این گوشی تنها یک گرم سبک‌تر شده است؛ اما باتری آن در مقایسه با قبل ظرفیت بیشتری دارد و این برای آیفون SE یک امتیاز محسوب می‌شود. این گوشی با قاب تمام آلومینیومی‌اش تنها 113 گرم وزن دارد.